Trò chơi đan xen câu chuyện gốc giữa các sự kiện của Star Wars: A New Hope và Return of the Jedi, đôi khi xen kẽ với các sự kiện Star Wars đã biết. Game được thể hiện dưới góc nhìn của một sĩ quan trẻ trong Hải quân Đế chế, Brenn Tantor, người bắt đầu với tư cách là một tay lính trong đội quân stormtrooper, nhưng sớm được trao quyền chỉ huy của riêng mình. Nhiệm vụ đầu tiên (từ các nhiệm vụ huấn luyện) là tìm kiếm một tàu thoát hiểm đã hạ cánh trên Tatooine, và sau đó theo dõi các droid ở bên trong. Đây là sự liên tưởng đến những cảnh mở đầu của Episode IV khi C-3PO và R2-D2 thoát khỏi Đế chế thông qua một tàu thoát hiểm bị rơi trên hành tinh Tatooine.

Nhân vật chính trung thành với Đế chế trong nửa đầu của trò chơi, cho đến khi anh trai của anh, Dellis Tantor phát hiện ra rằng Đế chế đã giết cha của họ. Dellis bị Đế chế bắt giam vì tiết lộ thông tin này, mặc dù Brenn ban đầu tưởng rằng Dellis đã bị giết. Brenn bèn đầu quân cho Liên minh Nổi dậy và tiếp tục chống lại các chỉ huy cũ của mình. Ngoài các màn huấn luyện Tatooine, người chơi tham gia Trận Hoth theo góc nhìn phe Đế chế và Trận Endor với tư cách là quân Nổi dậy. Trò chơi kết thúc bằng cuộc tiến công đánh chiếm Cung điện Hoàng gia trên Coruscant, và cuối cùng là giải thoát Dellis.